2、签发机关不同：绿色房产证是不动产登记的部门统一发放，红色房产证是由房地产管理局或人民政府发放的。
3、名称不同：绿本为房地产权共有证，红本为房屋所有权证。
4、包含内容不同：绿色房产证针对经济适用房、福利房等政策性用房。属于非市场商品房。简单来说，就是小产权房，享受一系列的福利制度，价格相对来说比较低。但也限制了不少的权益，售卖对象为特定的业主。红色房产证针对的是市场商品房，房产所有权与土地所有权合一，受到法律保护的，属于个人的私人财产。
5、权利不同：绿本不可以用个人的名义对房子进行买卖，也不能进行银行的抵押贷款，甚至在国家要求统一收回时，也只能得到相应的补偿。而红证可以依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利，也能进行转让、赠与、贷款等行为。
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